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腸道中的細菌有好菌也有壞菌，還有騎牆派的伺機菌，還有一些無關痛養的菌。這些細菌的組成，就叫做「腸道菌相」。從微生物生理學的角度來看，這場腸道天使與魔鬼的戰爭，也是「醱酵」與「腐敗」的戰爭。

在腸道內乳酸菌會利用澱粉、纖維質、寡糖類等醱酵，而做出乳酸、少量的醋酸以及無色無臭的二氧化碳、氫氣等，所以乳酸菌勢力強大時，腸道內會偏酸性，讓喜歡偏鹼性的腐敗菌不容易生存，所排除來的便便及氣體，氣味都不會太重。
腸道壞菌都是屬於腐敗菌，喜歡利用蛋白質，因而產生許多氨氣、硫化氫、亞胺、酚等物質，這些物質不但發出惡臭，而且都會毒害身體，像酚、亞胺等都有致癌作用，這也是為什麼喜歡肉食的人，容易罹患大腸癌的主要原因之一。那些會讓你腹瀉、腸炎的細菌，都是屬於腐敗菌。所以，當腸道壞菌佔優勢時，腸道內不斷進行腐敗反應，產生大量有毒物質，便便及排氣時，味道都不好聞。

怎麼知道自己的腸道內是酸性（好菌多）或鹼性（壞菌多）呢？其實看便便的顏色就知道了。
血液中，紅色的血紅素在肝臟中代謝分解時，會變成膽紅素，排到腸道，然後混在便便中排出。膽紅素的顏色會依酸鹼度而改變，所以當腸道是酸性時，排出的便便是黃褐色的。喝母乳的寶寶的腸道菌有95％為比菲得氏菌，嬰兒的便便為淺黃色，這是最健康的腸道所製造出來的便便。便秘的時候，腸內腐敗壞菌壓過好菌（乳酸菌），腸道環境偏鹼性，所排出來的便便是較深的褐色。
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正常的排便量，男性一天300g，女性一天200g。

便便顏色：
最理想的顏色是像嬰兒便便般的黃金色，黃土色、黃褐色也算健康，其他顏色都要注意。
黑色便便可能是上消化道（胃、十二指腸、小腸上段）出血，出血原因可能是潰瘍，甚至癌變，要及早就醫。
綠色便便不常見，先看是不是食物著色，如果又有下痢的話，可能是急性腸炎或食物中毒，必須立刻去醫院。
紅色便便，除非是吃了太多的紅色食物，否則都有問題，軟便、普通便的話，要注意大腸癌，水便的話，懷疑是食物中毒，潰瘍性大腸炎。
白色便便，要問是否脂肪吃太多，而消化不良，否則最好去看醫師。

便便形狀：
栗子狀：典型的直腸型便秘，便便在直腸停太久，水分完全被吸收，排出很困難，甚至會撕裂肛門。
香蕉狀、牙膏狀：都是健康的象徵。
泥狀、水狀：暴飲暴食，消化不良，腹部受涼，都可能出現暫時性的水便。嚴重下痢的話，極可能是食物中毒，甚至是急性腸胃炎；慢性的話，可能是腸燥症。

便便密度：
便便最好是半浮半沉，表示含有多量的纖維質，沉到水底的便便，表示太硬、纖維質太少，是不好的便便。

便便味道：
健康優質的便便，味道不會太重。

便便時間：
在五分鐘內排出，才是健康的便便。